R和Java的整合

作为统计工具R有着无可比拟的灵活性和社区支持，而在构建系统方面Java的优势也毋庸置疑的，那怎样将二者结合起来取长补短以获得更大的灵活性呢？本文简单介绍通过rJava包来实现R和Java之间的互通。

Calling Java code from R

在R中调用Java基本没有什么大问题，只要安装好rJava包之后，就可以分别通过.jnew和.jcall来创建Java类以及调用类方法了。详细可参考文档rJava。

值得记住的几个地方是JNI类型的表示：

  • I = integer
  • D = double (numeric)
  • J = long
  • F = float
  • V = void
  • Z = boolean
  • C = char (integer)
  • B = byte (raw)
  • L<class>; 表示Java中的类<class>，譬如“Ljava/lang/Object;”
  • [<type> 表示<type>类型的数组对象，譬如“[D”表示double型的数组

注：由于在R中不存在long或float相应的类型，因此这两种类型都会被转换成numeric类型。如果要向Java中传递这两种类型，则可以使用函数.jlong和.jfloat。

Calling R code from Java

通过JRI接口可以实现在Java中调用R代码（目前该接口是rJava包的一部分）。

  1. 将JRI.jar、JRIEngine.jar、REngine.jar添加到Java的CLASSPATH中去。

  2. 在java.library.path路径下包含libjri.jnilib，否则会报错Cannot find JRI native library!。

  3. 另外还需设置环境变量R_HOME：如果是在Eclipse下使用，则可以在“Run configure”的Environment标签下添加环境变量“R_HOME”；如果是在脚本中运行，则只需提前export R_HOME即可。到这里自带的两个示例程序实际上就可以运行了。

  4. 另外，根据程序的需求可能还需添加其他环境变量如：LD_LIBRARY_PATH、R_SHARE_DIR、R_INCLUDE_DIR、R_DOC_DIR，具体可视情况参照自带的run脚本添加即可。

如何使用可参见自带的rtest.java和rtest2.java。

资料：Javadoc文档


Published: September 09 2012

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